Предыстория После событий первой части игры прошло уже около 20 лет. После того, как Нихилант был уничтожен учёным в очках и защитном костюме, по всей планете начались портальные штормы. Из-за них многие существа мира Зен попали на Землю. Вся эта ситуация привлекла внимание Совета некоего межгалактического Альянса, и спустя некоторое время его войска вторглись на Землю. Человечество не было готово к такому разрыву в военных силах, и пало спустя 7 часов после начала войны. Уоллес Брин, бывший директор Чёрной Мезы, убедил людей сдаться, получив покровительство Совета...

1. Начинаем с того, что мы находимся в пункте сбора, где нас ждет доктор Вортовский. Он рассказывает нам о плане по уничтожению Цитадели. 2. Мы должны достичь Цитадели, используя гравитационную пушку и другие средства. По пути мы встречаемся с гражданскими, которые пытаются уйти из города. 3. Далее мы попадаем в район с разрушенными зданиями и должны преодолевать препятствия, используя гравитационную пушку. 4. Встречаемся с отрядом гражданских, которые пытаются уйти из города. Мы должны помочь им, уничтожая солдат Альянса и преодолевая препятствия...