Сюжет игр основан на многовековой войне между тамплиерами и ассасинами. Главный герой — Дезмонд Майлс, потомок ассасинов, с помощью Анимуса — машины, которая считывает память предков из ДНК, — он переживает заново события далёкого прошлого. Его цель — узнать, где его предки спрятали «Частицы Эдема», и достать их раньше тамплиеров, а также предотвратить конец света. Действие первой игры серии происходит параллельно в 2012 и 1191 годах. В первом случае главным героем является бармен Дезмонд Майлс, похищенный учёными корпорации «Абстерго Индестриз»...

Похищение Дезмонда Майлза корпорацией «Абстерго Индастриз» стало началом истории о многовековом противостоянии тамплиеров и ассасинов. Крестовые походы, Великая французская революция, щедрый на таланты Ренессанс, война за независимость в США, промышленный переворот в викторианской Англии — чего мы только не повидали в генетической памяти предков! Миллионы геймеров по всему миру вместе с Дезмондом и его преемниками пережили захватывающее приключение длиною в жизнь — в ноябре «ассасинам» стукнуло...