Первая часть: Игра является сюжетным приквелом к "Тени Чернобыля" и происходит осенью 2011 года. Наёмник-одиночка по кличке Шрам ведёт группу учёных через Болота. В этот момент происходит внеплановый и заставший группу врасплох выброс, который прогнозировался не ранее чем через два месяца. Укрыться от него группа не успевает. Спустя несколько дней Шрам приходит в себя на базе группировки, известной как "Чистое небо", и говорит с её лидером - Лебедевым. Группировка старается держаться обособленно, занимается изучением Зоны и ищет способ мирного сосуществования с ней...

Так же Вам может быть интересно: Почему скатилась группировка "Долг" S.T.A.L.K.E.R. Группировка "Чистое Небо" Предатели! S.T.A.L.K.E.R. Факты о мёртвых телах в S.T.A.L.K.E.R. ч.1 Привет всем и слава Монолиту! Если вы открыли эту статью то вы наверняка, как я и множество других игроков не поняли концовку чистого неба. Что же стало со Шрамом, умер ли он на ЧАЭС во время выброса или выжил? В данной истории научно популярно объясню что же стало с наемником Шрамом после событий чистого неба. Как заканчивается...