Прошло много лет с последних событий в Готэме. Очень много годов Бэтмен по имени Брюс Уэйн, который прячется под маской летучей мыши, борется с преступностью наводя на преступников и группировки, ужас по сей день. Брюс долгое время очищал город от безжалостных, кровожадных злодеев. Единственный вопрос который всегда оставался загадкой! Куда же деваются вся мелочь преступных группировок и самых опасных злодеев Готэма? Мелкие рыбёшки конечно же находятся в полицейском участке, где им тяжело выбраться под усиленной охранной...

Действия Arkham Origins проходят примерно за восемь лет до событий Arkham Asylum в середине зимы в Готэме. В канун Рождества Бэтмен отправляется в тюрьму «Блэкгейт», где преступники во главе с Чёрной Маской совершают побег, а также убивают комиссара Лоуба. Оставшись драться с Убийцей Кроком, супергерой узнаёт, что злодей — один из восьми самых смертоносных убийц Готэма, претендующих на денежную награду за голову Бэтмена, назначенную Чёрной Маской. Пытаясь узнать местонахождение Чёрной Маски, Бэтмен отслеживает Пингвина на его лайнере The Final Offer...