Aliens: Fireteam Elite 2 твердо намерена улучшить возможности кастомизации по сравнению с оригиналом, особенно с введением класса Специалист. Однако на этом все не остановилось, поскольку игроки также могут использовать новый элементальный урон и настраивать своё оружие множеством способов. Разнообразие настолько велико, что, по словам режиссёра Криса Кросса, четыре медика могут отправиться на миссию с совершенно разными комплектами снаряжения. В интервью TechRadar он сказал: Возможностей для кастомизации достаточно, чтобы взять с собой четырёх медиков, и каждый из них будет разным...

Разработчики Aliens: Fireteam Elite 2 делают ставку на вариативность, вводя расширенную систему настройки снаряжения. По словам режиссёра Криса Кросса, даже группа из четырех медиков будет уникальной благодаря глубокой синергии оружия, способностей и элементального урона. Игроки могут создавать необычные сборки, например, превращая медицинские станции в источники яда, что открывает бесконечные тактические горизонты для кооператива...