Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Динамика — изучает законы движения тел, в зависимости от действующих на них сил. Сила — мера механического воздействия на тело. Она характеризуется: величиной, направлением, и точкой приложения. Принцип освобождаемости —несвободное тело можно рассматривать как свободное, если отбросить все наложенные на него связи и заменить их соответствующими силами. Эти силы называются реакциями связей. Остальные действующие на тело силы называются активными силами...