В последних статьях я рассказала о том, что такое самое экономное дерево и логику его поиска (1) Метод максимально парсимонии. Ручное построение деревьев. Часть 1. (2) Метод максимальной парсимонии. Ручное построение деревьев. Часть 2. (3). Метод максимальной парсимонии. Вагнеровские деревья. Чтобы понять то, что написано в этой статье, рекомендую сначала изучить информацию по приведенным ссылкам. Очевидно, что вручную самое экономное дерево искать не стоит, потому что если есть алгоритм поиска, то наверняка уже есть и программы, которые его успешно применяют. И это так и есть. Проблема только...

Как открывать матрицу и запускать branch-and-bound в TNT я написала в предыдущей статье. Пожалуйста, прочитайте ее, прежде чем приступать к материалу в этой статье. Несмотря на то, что в branch-and-bound находятся все самые экономные деревья, и при небольших матрицах лучше использовать его, в матрицах с более чем 30 таксонами, TNT начинает виснуть. В большинстве случаев придется применять эвристические алгоритмы. Набор данных взят из моей статьи Namyatova & Cassis (2013). Тут я рассмотрю, как их запускать...