Когда код специально запутывают так, чтобы было непонятно, как он работает Ситуация: вы написали уникальный алгоритм обработки текста, который подсказывает пользователю, как грамотно что-то написать (например, письмо клиенту или коммерческое предложение). Этот код исполняется прямо на клиенте, в виде JS-библиотеки. Вы хотите продавать доступ к этому сервису. Проблемы: Как только один пользователь получил доступ к этому коду, он может заглянуть в него, понять принцип действия и создать такой же сервис самостоятельно...

Защита кода приложения это то, о чем не всегда задумывается разработчик, но обфускация при сборке - это не только защита, но и эффективный способ ужать размер конечного APK, а иногда и оптимизировать исполнение программы. С учетом того, на сколько сейчас просто настроить Proguard для разработки под Android, не использовать эту возможность крайне не логично. Интересный факт: существует контест на написание самого креативного обфусцированного кода на СИ "The International Obfuscated C Code Contest"...