Довольно много производителей сканеров и МФУ не делают в своём программном обеспечении поддержки сканирования сразу в PDF документ. А иногда поддержка есть, но только по одной странице. Покупать программы мы как-то не очень любим, а вот заниматься взломом ПО не советую. Лучше найти хорошую бесплатную программу и я вам рекомендую NAPS2. Программа очень простая, позволяет сканировать на WIA и TWAIN устройствах, а итоговые изображения можно сохранять в разные форматы, в том числе в многостраничный PDF...

Порой, по своей работе, приходится разбираться с крайне интересными случаями. Так, на днях мне пожаловались, что после перехода на Windows 10 не могут сканировать документы на мфушке Canon MF3010, подключенной через usb-кабель, причём с печатью и копированием документов никаких проблем нет и система видит сканер. Проверил, все драйвера действительно на месте, сканер обнаруживается (на всякий случай установил последнюю версию с сайта производителя). Запускаю фирменную кэноновскую утилиту сканирования...