Главный герой игры Ninja Gaiden Sigma Plus - Рю, опытный ниндзя из клана Хаябуса. Цель Рю - добыть Меч черного дракона, который является близнецом его собственного клинка. Это оружие, выкованное из костей черного дракона, является воплощением абсолютного зла...