Далеко не все приложения для Виндоувс идут установочными пакетами, а могут быть просто архивами или одним exe файлом. Вот пример программы, которая просто идет архивом, который надо распаковать в любое место: Когда мы запускаем инсталятор через wine, то обычно у нас будут созданы ярлыки и на рабочем столе и в меню системы: Но, если у нас случай что программа не требует установки, то она просто запуститься, но согласитесь, не удобно постоянно идти по адресу, куда мы установили программу и запускать ее от туда...

Совершенно ничто не мешает Linux открывать файлы с расширением .exe Вы просто не можете просто запускать файлы по (как минимум) двум причинам: Файлы EXE имеют формат , отличный от того, который используется в Linux...