Первая причина в сотнях и тысячах зависимостей, которые рано или поздно приводят к конфликтам (Dependency Hell). Б - безопасность, это вторая причина, почему репозитории не лучший источник приложений, вредоносные пакеты то и дело проникают туда, собственно, а почему бы и нет? Ведь гораздо проще заразить централизованный репозиторий с софтом для Linux, чем бегать по всему интернету пытаясь "взломать" множество независимых источников для Windows. Особое внимание заслуживает непереносимость пакетов, что есть следствие конфликта зависимостей, как это проявляется? Пакеты из репозиториев MX Linux 23...

Почему принудительные обновления это плохо? Думаю многие и без меня найдут как минимум одну причину, но я добавлю и от себя, так вот... У меня была установлена Ubuntu в виртуальной машине, и однажды понадобилось подключить интернет, чтобы сделать дело через репозитории, но дистрибутив в фоне начал сосать из интернета и устанавливать обновления без каких-либо предупреждений и уведомлений, я своё дело сделал и "жёстко" выключил систему, ведь она мне не нужна была больше, да и с Windows никогда проблем...