По умолчанию в Pycharm лишь один файл main.py. Чтобы добавить еще один py файл нужно перейти: File>New>Python File. Дальше перенесите свою программу на созданный py файл. Дальше чтобы запустить нужно нажать...

Виртуальная среда Python, или виртуальное окружение, позволит использовать модули и зависимости для каждого проекта изолированно друг от друга. В Pycharm (виртуальная среда) создается автоматически. Если вы хотите запустить проект вне Pycharm, к примеру на linux-сервере — вам понадобится активировать виртуальную среду. Иначе в момент загрузки модулей Python будет искать модули установленные глобально в операционной системе, а это в большинстве случаев провально. Для работы с виртуальной средой ее нужно создать и активировать. Если она уже существует (например pycharm ее создал) - ее нужно только активировать...