В строке «Выполнить» набери команду certmgr.msc. Найди не нужный сертификат, кликни по сертификату правой кнопкой и подтверди удаление. Каталог с сертификатами. В диспетчере сертификатов - certmgr.msc Удалить сертификат ЭЦП можно и через Крипто Про вкладка «Сервис», нажми кнопку «Удалить» и «Обзор»...

Конфиденциальную информацию (сертификат конкретного пользователя), как принято, удаляют за ненадобностью в целях безопасности либо чтобы освободить пространство. Но нужно понимать, что после этого в большинстве случаев ничего не восстановишь. Поэтому для начала следует убедиться, что стираемые данные больше не понадобятся. Как и где получить УКЭП для ИП, рассказали тут. Восстановление допустимо, но лишь в отдельных, немногих случаях. Так, удаленный из браузера сертификат можно вернуть посредством «КриптоПро»...