Недавно столкнулся с такой проблемой , написав небольшой скрипт решил вынести его в отдельный файл для удобства дальнейшей работы , создал отдельный файл (JS code.js), ну и как обычно в основном html документе в скрипт добавил ссылку на него(<script src = "JS code"></script>). И далее продолжил работать над программой...

CSS Вторым шагом после изображений подумайте об оптимизации ваших CSS и JavaScript файлов. Не забывайте всегда минимизировать эти файлы. По умолчанию CSS являются ресурсом, который блокирует отрисовку страницы в браузере. Это значит, что браузер остановит создание HTML элементов пока не загрузит и не прочтет весь ваш CSS. Поэтому всегда минимизируйте CSS, а также удаляйте неиспользуемые стили. Это особенно важно, если Вы используете какой-нибудь CSS фреймворк (на вряд ли вы используете все стили фреймворка)...