Детство и юность Борис родился в вяземских владениях своего отца, Федора Ивановича Годунова, 2 августа 1552 года. Годуновы были старинным Костромским дворянским родом, родоначальник которого Чет во времена великого князя Владимирского Ивана Калиты выехал со всей семьей из Золотой Орды на службу в удельное Костромское княжество. После присоединения Костромского княжества к Московскому, знатные люди, не исключая род Годуновых, считали за честь служить сначала московским князьям, а затем русским государям...

Перед смертью Ксения просила похоронить её рядом с родителями и братом в Троицко - Сергиевской лавре. Просьба её была исполнена.Происхождение рода Годуновых согласно Родословных книг: "В лето 6838 (1330)...