Структура файловых систем в Linux следует определенным правилам, которые пытались рационализировать с помощью стандарта Filesystem Hierarchy Standart ( Почитать про него можно здесь). Правда некоторые системные администраторы, видя свою логику устройства ФС, пытаются "улучшить" структуру, принятую по умолчанию. Но, так как файловое дерево имеет большое количество скрытых зависимостей, то такие попытки изменений приносят еще больше проблем. Поэтому лучше не делать таких преобразований, чтобы не было...