Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Речь идёт о формах динамик в мире физики. Этот очередной опус можно было бы назвать и так: обратимость и необратимость. Порядок и беспорядок в мире физики как раз тесно связаны с обратимостью и необратимостью движений, процессов, явлений. Ранее мне приходилось касаться темы противоречивых отношений первого и второго начала термодинамики. Но в этом опусе хотелось бы затронуть тему порядка и беспорядка не только в связи с термодинамикой, но как общую для всей физики. Да, говоря о термодинамике, проще всего употреблять понятия «порядок» и «беспорядок» (хаос)...