Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Жизнь в том виде, как мы её понимаем, на Земле началась с воды. Потому нам кажется, что эта субстанция хорошо изучена и знакома нам на все 100%. Но на самом деле вода таит в себе множество интересных особенностей, которые в общем-то можно объяснить физикой, но это настолько не интуитивно, что вода сразу переходит в раздел веществ с супер-свойствами. Впрочем, даже с учётом возможности разобраться во множестве странных свойств воды с точки зрения науки (увы, не во всех), само количество этих специфик превышает количество особенностей других существующих веществ всех вместе взятых...