В компьютерной индустрии понятие Онтология лишь созвучно с аналогичным термином в философии, науки о бытии и познании. В инженерных областях деятельности «Онтология – это артефакт, структура, описывающая элементы некоторой системы». Чтобы не путать эти понятия и не вносить дополнительного повода для дискуссий, под словом Онтология в компьютерной индустрии или инженерии знаний подразумевается описание мета данных, либо используются термины «Онтология предметной области» или «Онтология прикладной системы»...

Понятие онтологии первоначально философское, согласно Вике: Онтология (новолат. ontologia от др.-греч. ὤν род. п. ὄντος — сущее, то, что существует и λόγος — учение, наука): «Генная онтология» - (Gene Ontology, или GO) — биоинформатический проект, посвящённый созданию унифицированной терминологии для аннотации генов и генных продуктов. Целью проекта является составление аннотаций генов и продуктов, разработка инструментов для работы с базой данных проекта, а также для анализа новых экспериментальных данных, в частности, анализ представленности функциональных групп генов...