Леонора родилась в марте 1553 года в семье Гарсии Альварес де Толедо и Осорио, маркиза Вилльяфранка-дель-Бьерсского и герцога Фернандинского, и Виттории д’Асканио Колонна Она была третьей дочерью и четвёртым ребёнком пары. Мать девочки по отцу была племянницей известной поэтессы Виттории Колонна. Гарсия Альварес был сыном испанского вице-короля Неаполя Педро Альвареса де Толедо; сам же Гарсия Альварес был вице-королём Каталонии (1558—1564) и вице-королём Сицилии (1564—1566) от имени короля Филиппа...