Головин А. В. - Моделирование структур биополимеров - Оптимизация геометрии молекулярной динамики
Молекулярная динамика
Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...
2.1. Мысленные модели статистической механики
Продолжение книги 'Осмысление энтропии в свете свечи' Целью статистической механики является рассмотрение свойств макросистем исходя из атомно-молекулярных представлений. Базовым уровнем является квантовая механика, но на практике используется иерархия аппроксимаций, которая будет рассмотрена в этой главе. Мы начнем с мысленной модели классической статистической механики 19-ого века, затем перейдем к квантовой статистической механике, а после этого рассмотрим переход к квазиклассическому приближения статистической механики, которое будет использовано в этой части книги. Важной аппроксимацией, которая...