Раньше, в те времена, когда знаний о внутреннем строении вещества было маловато, никаких различий между молекулами не замечали. Молекула была молекулой, в понимании мельчайшей частицы вещества. Но сейчас уже есть хорошее понимание того, что дело в общем-то обстоит не совсем так...

И молекулярная физика, и термодинамика изучают свойства вещества, но при этом пользуются разными методами. Молекулярная физика рассматривает свойства вещества с точки зрения его внутренней структуры (движение молекул вещества, их взаимодействие). Термодинамика не рассматривает внутреннюю структуру вещества, а интересуется его энергией, передачей энергии. Так, она рассматривает как за счёт тепла, полученного при сгорании топлива, можно получить работу (работа тепловой машины). О термодинамике будем...