Симуляции молекулярной динамики (MD) — один из незаметных «рабочих инструментов» современного биологического и медицинского исследования: они помогают ученым понимать, как движутся белки, как связываются лиганды и как биологические молекулы взаимодействуют во времени. Лиганд (от лат. ligare — «связывать») — это атом, ион или молекула, которая связывается с центральным атомом или ионом (часто металла) или с большой биологической молекулой, такой как белок или ДНК, образуя комплексные соединения, например, в химии, или участвуя в биохимических процессах, например, как нейромедиатор...