Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Физическая химия - это раздел химии, который изучает физические основы химических явлений и процессов, включая законы и принципы, описывающие поведение материи на молекулярном и атомном уровнях. Предмет физической химии включает в себя такие области, как кинетика химических реакций, термодинамика, химическое равновесие, электрохимия и коллоидная химия. Методы физической химии включают в себя экспериментальные методы, такие как спектроскопия, хроматография, калориметрия, электрохимия и методы математического моделирования, численного анализа и статистической обработки данных...