За последние несколько десятилетий использование технологий секвенирования следующего поколения (NGS) в клинической диагностике расширилось. Технологии NGS (next generation sequencing) позволяют проводить массовое параллельное секвенирование миллионов фрагментов ДНК с высокой пропускной способностью. В области диагностики генетических заболеваний и рака эти технологии стали золотым стандартом диагностики. Только в последнее десятилетие, когда эти технологии NGS стали более доступными, их использование в лаборатории клинической микробиологии стало реальностью...

Однако недавние исследования показывают сложные уровни взаимодействия между бактериальными клетками. В бактериальном сообществе клетки могут демонстрировать значительную специализацию, а не быть однородными, что придает популяции новые функциональные возможности, выходящие за рамки индивидуальных способностей. Фенотипическая диверсификация в популяциях патогенов может повысить выживаемость в стрессовых условиях, расширить нишу колонизации и увеличить экологический диапазон инфекционных заболеваний за счет появления коллективных патогенных характеристик...