Второй закон Ньютона. МД это не обязательно молекулы, это модель* динамики(движения) чего угодно, но чаще всего атомов или молекул. Просто исторически так сложилось, что первые модели описывали молекулярные структуры, например лёд. Поэтому так и называют - молекулярной динамикой МД - это ВИРТУАЛЬНАЯ РЕАЛЬНОСТЬ строго работающая по 2-му закону Ньютона, во времени. МД - это компьютерная модель** атомов или молекул, описывающая их поведение как механическое, без учета их внутренней структуры. Чтобы создать компьютерную модель, нужны уравнения, то есть нужна математическая/физическая*** модель...

Авторитетный коллектив ученых, состоящий из ведущих мировых специалистов, включающих двух Нобелевских лауреатов и профессора биофака МГУ, сформулировал принципы, которым должны соответствовать современные исследования в области молекулярного моделирования биологических систем в эпоху больших данных и искусственного интеллекта. Методы молекулярного моделирования являются незаменимым инструментом для изучения работы живых систем, понимания того, как генетическая информация определяет строение и свойства живых организмов, включая человека, разработки новых лекарств и биотехнологий...