Обсерватория была основана Д.И. Дубяго на средства, завещанные В.П. Энгельгардтом, и оснащена оборудованием, переданным Энгельгардтом Казанскому университету в 1897 г. Причиной основания обсерватории было неудобство наблюдения в центре города (сильная засветка). Во время Отечественной войны Энгельгардтовская обсерватория была одной из немногих на территории СССР, продолживших свою работу [также Ташкентская и Свердловская). За военные годы получены сотни фотопластинок звездных полей, комет, малых планет...