В Изумрудной зоне начинается лунное затмение. Оно длится не несколько минут, а целые дни. Луна исчезает, и мир погружается во мрак. Соник узнаёт, что доктор Злой украл Лунный Камень — артефакт, который заставляет Луну сиять. Без него тени оживают и нападают на зверей. Чтобы вернуть свет, Сонику нужно отправиться на Луну. Там его ждут теневые монстры, ловушки из темноты и сам доктор Злой. На помощь приходит лунная фея Селена. Она знает тайны ночного светила. Вместе им предстоит добраться до Лунного Храма и вернуть Камень, пока тьма не поглотила мир...