В Изумрудной зоне начинают происходить странные вещи. Деревья меняются местами, вода течёт вверх, а небо становится фиолетовым. Соник обнаруживает, что доктор Злой украл семь Изумрудов Хаоса и использует их для создания порталов, которые перемешивают все зоны мира. Теперь ёж должен отправиться в опасное путешествие по искажённым мирам, чтобы вернуть каждый Изумруд и остановить злодея. Но чем дальше он идёт, тем сильнее хаос влияет на его разум, и только вера в свои силы помогает ему не сойти с ума...