В Изумрудной зоне начинается наводнение. Вода поднимается с каждым часом, затапливая леса и холмы. Соник узнаёт, что доктор Злой построил подводную базу и создаёт гигантские волны с помощью мощного генератора. Чтобы остановить злодея, ёж должен нырнуть в океан и пробраться в подводную крепость. Но там его ждут морские роботы, акулы-убийцы и ловушки на каждом шагу. Соник понимает, что под водой его скорость бесполезна, и ему придётся полагаться на смекалку и помощь нового друга — дельфина по имени Спринт...