Действие продолжения разворачивается через некоторое время после событий первой ленты, когда Соник уже чувствует себя в Грин-Хиллз как дома, а его друзья Том и Мэдди оставляют героя дома, отправившись в отпуск.  Однако спокойно пожить Сонику не дают, поскольку на горизонте снова появляется доктор Роботник, который обзавёлся новым неожиданным союзником - Наклзом...