История X-COM 2 разворачивается спустя 20 лет после завершения первой части. На дворе стоит 2035 год и инопланетяне полностью контролируют Землю. Государств более не существует, зато есть глобальное правительство, известное как Advent Administration. Бойцы Адвента держат под крылышком основные города и ключевые точки планеты, тогда как сами инопланетяне занимаются темными делишками в дали от человеческих глаз. Что именно они делают – не знает никто, но бойцы сопротивления уверены в том, что ничего хорошего от алиенов ждать нельзя...