Главный герой — молодой полицейский, приписанный к участку в районе, где в основном проживает рабочий класс. Герой вырос в этом районе, и теперь, когда он вернулся сюда стражем закона, на поверхности оказался некий секрет, который может уничтожить как семью копа, так и его самого...

Сериал имел целых три рабочих названия — «Москва бандитская», «Сага о криминале», «Во имя отца и сына». В сценарий сериала «Крот» вошёл ряд сюжетных линий, которые были подготовлены для продолжения 5-серийного фильма «Рэкет», съёмки продолжения которого не удалось осуществить из-за скоропостижной кончины актёра Сергея Шкаликова, игравшего в одну из главных ролей. Некоторые прослеживают связь между этими двумя сериалами. Они считают, что адвокат Сабур из «Рэкета» и наркобарон Сабур из «Крота» — один и тот же персонаж...