Действия сериала происходят на фоне политических интриг и борьбе за власть. Король Семи Королевств, Роберт Баратион, просит своего друга Эддарда Старка стать Десницей короля - главным его советником. Он соглашается на эту должность и подозревает, что его предшественник был убит. Эддард пытается выяснить причины гибели и защитить короля. В это время представители свергнутой Баратеоном королевской семьи Таргариенов разыскивают себе союзников, чтобы вернуть свое королевство. Между этой войны и политической неразберихи оживает древнее всеми забытое зло 2011-...

У AC Valhalla самая длинная основная сюжетная линия в истории сериала. Игра, однако, отличается от AC Odyssey с точки зрения времени, необходимого для "максимально полного прохождения".