Сериал имел целых три рабочих названия — «Москва бандитская», «Сага о криминале», «Во имя отца и сына». В сценарий сериала «Крот» вошёл ряд сюжетных линий, которые были подготовлены для продолжения 5-серийного фильма «Рэкет», съёмки продолжения которого не удалось осуществить из-за скоропостижной кончины актёра Сергея Шкаликова, игравшего в одну из главных ролей. Некоторые прослеживают связь между этими двумя сериалами. Они считают, что адвокат Сабур из «Рэкета» и наркобарон Сабур из «Крота» — один и тот же персонаж...

Актёры работали в специально построенных затопленных декорациях, где вода подавалась под высоким давлением для имитации аварийных ситуаций. Температура воды достигала +10°C, поэтому съёмочная группа использовала гидрокостюмы с подогревом. Гидравлические платформы, на которых снимали сцены «шторма», могли наклоняться на 30 градусов, создавая эффект качки. Александр Петров позже признался, что после 12-часового съёмочного дня «выглядел как выжатый лимон». Николай Лебедев подготовил для актёров 80-страничный...