У «The end of Evangelion» есть две отброшенных концовки, концовка A и концовка B. В то время как концовка B была гораздо более мрачной, чем конец, присутствующий в финальном фильме, концовка A всё ещё очень похожа на ту, что была в «EoE», с наиболее заметной разницей в том, что последние слова Аски были изменены. Концовка А Вы уже знаете её начало (пляж, окаменевшие безголовые Евы и т. д.). Затем мы видим могилы, сделанные Синдзи (Анно заявил, что это он их сделал). На них написаны имена всех главных героев «Евы», за исключением Аянами Рей...

Многим посмотревшим стала непонятна концовка, почему Синдзи задушил Аску? Что с ним произошло? Что с ней? Для ответа на эти вопросы важно понимать несколько вещей. Про Рей речи нет, обсуждаем только Синдзи и Аску. А именно то, что у этих двоих с детства была очень схожая психологическая травма, в особенности у Аски, что и выражалось на моменте где она предлагала Кадзи переспать. Аска не понимает свои чувства к Синдзи, ведь он же отражение её ментального состояния души, хоть она и не показывает это так ярко, ну и конечно начинает его ненавидить...