Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Многие аспекты прошлого персонажей значимо влияют на их жизнь, но есть аспекты их предыстории, которые практически не имеют смысла. Многими персонажами Наруто движет боль прошлого. На жизнь главного героя сильно повлиял тот факт, что его родители умерли, когда он был новорожденным. Другие персонажи были определены отдельными моментами их собственных историй. Многие аспекты прошлого персонажей значимо влияют на их жизнь, но есть аспекты их предыстории, которые практически не имеют смысла. И злодеи, и герои Наруто были сформированы постоянными войнами...