Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Как и обещал, в этот раз речь пойдёт непосредственно про Нагато :-) Его история чуть шире историй тиммейтов Не так, чтобы очень, но отличия имеются. И начались они прямо с раннего детства, когда добрый (но уже почти горизонтальный) дядюшка Мадара пришёл домой к Нагато, и, втайне от него и его семьи (как можно не заметить — поди знай) пересадил мальчишке свои глаза, тот самый «Риннеган». Ещё свеженький, ибо Учиха Мадара смог пробудить вундервафлю буквально накануне собственного ухода в страну вечной охоты...