Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

В то время как многие фанаты Наруто сомневаются в подлинности любви Саске к Сакуре, он проявляет к ней чувства на удивление рано. Сложные отношения Саске и Сакуры в «Наруто» — популярная тема для разговоров. Хотя многие фанаты сомневаются в искренней любви Саске к Сакуре, он несколько раз предвещает их будущие отношения на протяжении всего сериала. Движимый местью и силой в юном возрасте, Саске покидает Сакуру и Скрытый Лист, чтобы идти своим путем. Во время его спуска во тьму они расходятся, а спустя годы воссоединяются...