Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

10.Истрия Кушины и Минато Кушина родилась в стране водоворота. Её чакра идеально подходила для подавления Биджу. Незадолго до смерти её предшественницы, Узумаки Мито, третий Хокаге и совет Конохи решили, что Кушина станет вторым Джинчуурики Курамы. Поэтому она переехала в Коноху, где в ней запечатали монстра. Как и Наруто, Кушина была одинока. Однако Мито посоветовала ей наполнить сосуд, которым она станет будучи Джинчуурики, любовью. Кушина последовала этому совету и после своего похищения полюбила Минато, который помог претворить ее мечты в жизнь и изменил ее в лучшую сторону...