Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

После оглушительного успеха первого "Человека-паука" в 2002 году, Голливуд вздохнул с облегчением. Жанр супергеройского кино возродился из пепла, и зрители вновь поверили в плащи и трико. Но вместе с триумфом пришло и невыносимое бремя ожиданий. Как превзойти успех оригинала, не скатившись в самоповтор? Как сделать сиквел не просто "больше и громче", а глубже, эмоциональнее и совершеннее? Сэм Рэйми и его команда столкнулись с этой дилеммой, и кажется, никто не верил, что "Человек-паук 2" (2004) сможет не только повторить успех первой части, но и превзойти её...