Второй сезон частично основан на сюжетной линии The Six Arms Saga серии комиксов The Amazing Spider-Man. В отличие от первого сезона, второй сезон уже имеет официальное название. Он более упорядоченный и представляет из себя одну большую историю о том, как Человек-Паук переживал некий Неогенный кошмар — превращаясь в Сверхпаука (настоящего гуманоидного паука), он терял силы, и его структуры клетки — ДНК постоянно менялись, что было весьма неприятно, несмотря на то, что ему уже давно было ясно, что он — мутант...

"Человек-паук: Паутина вселенных" Как и в некоторых других фильмах Марвел, начиная с четвертой фазы, в "Человеке-паук: Паутине вселенных" особое внимание уделяется мультивселенной. В конце анимационного фильма Майлз Моралес, надеясь попасть домой, случайно перемещается в другую вселенную, в которой нет Человека-паука. Из-за этого город Майлза становится похож на Готэм, в котором процветает преступность и нет никаких проблесков надежды даже в слоганах известных компаний. К примеру, культовая фраза "Just Do It" от Nike в фильме написана, как "Don't Do It", а сам логотип перевернут...