В далеке от остального мира, посредине гигантской пустыни, стоит город Смерти, которым правит могущественный Шинигами. Здесь находится Академия, где люди, наделенные способностью превращаться в оружие, тренируются и находят себе партнеров.  Так было с Макой и Соул Итером, Блеком Стар и Цубаки, Кидом и его партнершами Лиз и Патти, а также многими другими, теми, кто вступил в битву с Кишином и покрыл луну чёрной кровью. Так вот, Soul Eater Not совсем другая история.  Действие разворачивается до событий оригинала, в то время, когда Сид-сенсей был  жив, а ведьма Медуза работала медсестрой...