Фильм начинается с того, что Соник — антропоморфный синий ёж с невероятной скоростью — живёт на далёкой планете. Он вынужден бежать от врагов, которые хотят использовать его силы. Его наставница — сова Лонгклоу — даёт ему магические кольца, которые открывают порталы в другие миры. Соник телепортируется на Землю и обосновывается в маленьком городке Грин-Хиллс в штате Монтана. Он живёт тайно, наблюдая за людьми, особенно за шерифом Томом Вачовски и его женой Мэдди. Соник одинок, но не вмешивается в жизнь людей...

После победы над Доктором Роботником в первой части, Соник остался на Земле и пытается стать супергероем в стиле комиксов, но его импульсивность приводит к разрушениям. Его опекун Том уезжает на свадьбу в Гавайи, оставляя Соника одного. Тем временем, Доктор Роботник, застрявший на грибной планете, создает устройство, посылающее сигнал в космос. Сигнал привлекает Наклза, могущественного воина ехидну, ищущего Изумруд Хаоса. Роботник и Наклз объединяются, чтобы найти Изумруд Хаоса. Роботник хочет использовать его силу для мирового господства, Наклз — чтобы восстановить честь своего клана...