«Золотое время» в студии закончилось ближе к распаду СССР. Грянул кризис. «Союзмультфильм» перестал быть лицом мультипликации. Производственный механизм расшатался, работников не хватало, творческая атмосфера сходила на нет. В 1993-м на пост директора пришел 24-летний Сергей Скулябин. Спустя четыре года его уволили и он с бандой захватил студию и жестоко избил нового директора. Сотрудники потом вспомнили: «У Скулябина была одна задача — обанкротить предприятие и ликвидировать его. Раз...

За более чем 80-летнюю историю студия выпустила более 1500 рисованных и кукольных мультипликационных фильмов. Ниже приведен список известных мультфильмов студии «Союзмультфильм», отсортированный по времени создания.