Первый сезон мог запомниться разве что грандиозным финалом с разрушением Типока-Сити и серией с приказом 66. В этом же сезоне самого отряда 99 стало гораздо меньше и всё больше внимания уделяется судьбе клонов в Империи. Казалось бы, «детский» мультсериал вдруг приобретает мрачную и гнетущую атмосферу новых реалий. Клоны больше не нужны Галактике, их место занимают новобранцы, а бывшие сепаратистские планеты насильственным путём захватываются. И хотя всё это разбавляется парочкой серий с приключениями самой Бракованной партии, новая реальность оставляет свой след даже там...