Начну с более очевидного и постараюсь вести вас в хронологии повествования эпизода. В оригинальной манге прекрасно показано почему Мотоко Кусанаги и Бато стали следить за Накамурой из МИД'а (он ещё глава 6 отдела) перед похищением Кукловода. В аниме этот момент не стали показывать. Вот поэтому майор Мотоко Кусанаги успела толкнуть шефа Арамаки перед тем, как стали стрелять похитители. Теперь про расположение Кукловода. Если говорить вкратце, то ИИ, создавший форму жизни из океана информации (Кукловода) находится в космосе на искусственном спутнике...