Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

В начале серии и тем самым как вступление в Наруто Шиппууден показывается часть поздней серии. Наруто, Сакура, Сай и Ямато бегают по убежищу Орочимару в поисках Саске. После большого взрыва, который проделал...

Эпизод 57 "Лишённый вечного сна"; Эпизод 58 "Одиночество"; Эпизод 59 "Новый враг"; Эпизод 60 "Колесо фортуны"; Эпизод 61 "Контакт"; Эпизод 62 "Союзник"; Эпизод 63 "Два короля"; Эпизод 64 "Чёрный сигнальный огонь"; Эпизод 65 "Оковы тьмы"; Эпизод 66 "Ожившие души"; Эпизод 67 "Борьба со смертью"; Эпизод 68 "Время пробуждения"; Эпизод 69 "Отчаяние"; Эпизод 70 "Резонанс"; Эпизод 71 "Мой друг". Ох, филлеры вы мои, филлеры! Напоминаю, что по сюжету я тут почти не пройдусь, только очень кратко (или если какие-то особые исключения), поэтому весь разбор - чисто подборка моментов...