Событие второй части манги происходит спустя два с половиной года их странствий с Дзирайей. Вернувшийся в Коноху и повзрослевший Наруто стал более сильным и умным, но, в отличие от сверстников, остался в звании гэнина. Первой крупной миссией стало спасение похищенного группировкой Акацуки Гаары: в то время как Сасори был уничтожен Сакурой и Тиё, Наруто вместе с Какаси преследовал Дэйдару, которому всё-таки удалось сбежать, сымитировав свою смерть. Ослабленный использованием в погоне сярингана Какаси...

Эпизод 90 "Решение шиноби"; Эпизод 91 "Найдено логово Орочимару"; Эпизод 92 "Схватка"; Эпизод 93 "Соединяя сердца"; Эпизод 94 "Дождливая ночь"; Эпизод 95 "Два амулета"; Эпизод 96 "Невидимый враг"; Эпизод 97 "Лабиринт искажённых отражений"; Эпизод 98 "Появление цели"; Эпизод 99 "Яростный хвостатый зверь"; Эпизод 100 "В тумане"; Вот и очередная ГРОМАДНАЯ филлерная арка, посвященная истории Гурен, Юкимару, Треххвостого, а так же переплетенная с вполне себе каноничными моментами о Саске и Орочимару...